这部电影是关于蝙蝠侠(由罗杰·克雷格·史密斯配音)、闪电侠和绿箭侠(Robin's United Justice League)与一个名为Animilitia的犯罪组织作战的故事。这个犯罪组织由一些动物成员组成，包括银背大猩猩、猎豹族妇女、杀手鳄鱼等。他们在哥谭市做了很多坏事，一般的警察对此无能为力。而且，组织背后的主谋指向蝙蝠侠的宿敌，他也是哥谭市叱咤风云的黑手党大亨企鹅角色的代言人。除了Animilitia，蝙蝠侠还将面对奥斯瓦尔德商人新发明的邪恶网络动物机器人，一群罪恶的邪恶势力将再次聚集在哥谭市。