工藤新一是中国著名的高中生侦探,在追捕一个黑人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现。震惊之后,他被喂食了魔法药剂,工藤新一变回了一个孩子!辛屹找到了经常帮助他的阿笠博士,他的医生为他量身定做了许多间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复,辛屹决定秘密追捕他们,希望能找到解药。一天,新沂的女朋友毛利兰来到阿笠博士的家,寻找她男朋友的下落。当小兰遇到她时,她把自己的名字改成了江户川·柯南,然后柯南就在小兰的家里逗留了。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探。辛屹可以通过和他一起处理四个案子来追踪那个夜猫子的下落。柯南在小学遇到了布美和其他小学生,他们一起组织了一个少年侦探向罪犯宣战!